Рас­ста­вим знаки пре­пи­на­ния.

1)  Любое ка­мен­ное со­ору­же­ние Сред­не­ве­ко­вья по­хо­ди­ло на не­при­ступ­ную кре­пость, а в слу­чае не­об­хо­ди­мо­сти и за­ме­ня­ло ее.  — За­пя­тая между од­но­род­ны­ми ска­зу­е­мы­ми.

2)  Но глав­ная угро­за де­ре­вян­ных по­стро­ек  — по­жа­ры.  — Тире между под­ле­жа­щим и ска­зу­е­мым, вы­ра­жен­ны­ми име­на­ми су­ще­стви­тель­ны­ми.

3)  Они счи­та­ли, что она по раз­ме­рам пре­вос­хо­дит круп­ней­шие го­ро­да Ев­ро­пы.  — За­пя­тая между ос­но­ва­ми в слож­ном пред­ло­же­нии.

4)  Ино­стран­цев по­ра­жа­ла Москва.  — Знаки пре­пи­на­ния не нужны.

Ответ: 2) Но глав­ная угро­за де­ре­вян­ных по­стро­ек  — по­жа­ры.  — Тире между под­ле­жа­щим и ска­зу­е­мым, вы­ра­жен­ны­ми име­на­ми су­ще­стви­тель­ны­ми.